С получаването на акредитацията българските целеви институции получават както признанието за успешно покриване на минималните изисквания поставени от страна на ЕК за качествено изградени системи за изпълнение на проекти по ФАР, така и пълната отговорност за процеса на търгуване и договаряне на средствата по ФАР, като за целта ще се извършва предварителен контрол на всеки един етап от този процес. До сега тази функция бе изпълнявана от Делегацията на Европейската комисия у нас, която задължително одобряваше всеки един договор, преди неговото подписване.

Процесът по подготовка на България за преминаване към разширена децентрализация беше ръководен и координиран от определения за Национален ръководител заместник-министър на финансите и от дирекция “Национален фонд” към МФ, в качеството й на съкровищен орган и гарант за прилагането на принципа за добро финансово управление на предоставяните на страната ни средства от страна на ЕК. Този процес стартира още в края на 2002 г. и формално приключи с детайлен одит, чийто предмет бяха системите на всички нива на изпълнение на проекти по ФАР. Одитът беше проведен от 3 различни екипа на ЕК в продължение на месец в края на лятото на 2006 г., като окончателният одитен доклад беше предоставен в края на януари 2007 г.

В резултат на одитните препоръки бяха предприети конкретни мерки, които да затвърдят увереността на одиторите за готовността на България да поеме допълнителната отговорност, която се дава с акредитацията. Те са свързани и със способността за бързо реадаптиране на изградените системи да подчинят работата си на правилата за възлагане на обществени поръчки, съгласно националното ни законодателство, което е водещо след встъпването ни в пълноправно членство от 1 януари т. г. Бяха разработени и приети актове, допълващи Закона за обществени поръчки. Разписани бяха и детайлни процедурни наръчници за работа на изпълнителните агенции по ФАР, съгласно ЗОП.